Struktura programu je velmi členitá. V obecné rovině lze program rozdělit na dvě oblasti – Životní prostředí a Opatření v oblasti klimatu.
Program navíc vymezuje několik typů projektů – klasické, tzv. standardní (dříve tradiční) projekty, a dále novou řadu projektů, tedy integrované projekty realizované na podporu implementace konkrétních směrnic EU na národní úrovni, přípravné projekty – specifické projekty s konkrétním účelem vypsané na základě poptávky EU, projekty na podporu neziskových organizací činných ve správě ochrany životního prostředí na úrovni EU, projekty na navýšení národních kapacit – něco jako technická asistence pro národní kontaktní místa, a tzv. finanční nástroje, což je specifický druh podpory udělovaný prostřednictvím Evropské investiční banky a zprostředkujících bankovních ústavů, přičemž se vybraným žadatelům poskytují zvýhodněné půjčky na příjem generující inovativní řešení ve vybraných oblastech. V tomto ohledu se jedná o pilotní typ projektů, jejichž účinnost se testuje na velmi malém vzorku a při malém objemu finančních prostředků. V případě, že tento typ financování osvědčí, nelze vyloučit, že se do budoucna program ve větší míře zaměří na financování takto laděných projektů.