Národní spolufinancování úspěšnému žadateli MŽP zasíláno na základě ujednání v rozhodnutí o poskytnutí dotace, nejčastěji se jedná o tři platby.
Evropský příspěvek je přidělován formou 3 plateb: první zálohová platba (30 % příspěvku EK) – před začátkem projektu, druhá zálohová platba (40 % příspěvku EK) – po schválení střednědobého reportu přibližně v polovině projektu, závěrečná platba po schválení závěrečné zprávy (30 % příspěvku EK) – může dorazit až rok po ukončení projektu.